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Für die meisten Programme werden bei der Installation auch Veränderungen in der Registry vorgenommen, so daß Deine Annahme richtig ist: Wenn Windows neuinstalliert wird, laufen die Programme nicht mehr ohne weiteres, auch wenn die Programmdateien auf einer anderen Partition liegen.
Wenn Du Deine alte Windowsinstallation noch gestarte bekommst, könntest Du versuchen, die Registry komplett zu speichern (start,ausführen,regedit,Registrierung,exportieren,alles), dann empfiehlt es sich bei der neuen Installation auf gleiche Art und Weise eine Sicherungskopie der frischen Registry anzulegen. Dann kannst Du die neue durch die alte ersetzten und probieren ob es geht. Bei Problemen kannst Du die alte wieder durch die Sicherungskopie der neuen ersetzen. Das Problem dabei ist: Du wirst ja Deine Gründe haben, warum Du neuinstallierst. Wenn nun die alte Registry mitverantwortlich für diese Gründe ist, dann importierst Du natürlich die alten Probleme mit in Deine neue Installation. Besser wäre es, wenn man genau wüßte, welche Schlüssel an welchen Stellen der Registry für die bei Dir installierten Programme relevant sind. Du könntest z.B. das Programm Regcleaner benutzen. Das zeigt Dir Registryschlüssel und die Programmnamen an, ich glaube man kann sie auch direkt aus Regcleaner heraus speichern, müsstest Du gucken - denn man kann ja auch nur Teile der Registry im- bzw exportieren. Allerdings brauchen einige Programme auch Einträge in der Win.ini oder spezielle Dateine im Windows\System Ordner, also alles in allem: ne menge Gefummel; ob nachher alle, einige oder gar keine der alten Programme funktionieren kann man nur ausprobieren. Kann man die alte Windowsinstallation nicht doch retten? Wäre vielleicht einfacher. Auf jeden Fall viel Glück, vielleicht hat ja jemand anderes auch bessere Vorschläge als ich.
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