Ich denke schon - falls der Befehl CONVERT.EXE vorhanden ist. Der sollte in ..\System32\ liegen:

CONVERT C: /FS:NTFS /V

Die Programme sollte dies nicht betreffen.

Vorteile: leistungsfähiger (Rechte, Kompression, Verschlüsselung, ...) sowie begrenzte Selbstheilungsfunktionalität durch Journaling, daher auch sicherer.

Nachteile: DOS/W9x booten von dieser Partition ist dann aber nicht mehr möglich. Zugriffe von diesen OS' aus auch nicht ohne Tricks.
Im Fehlerfall, wenn XP nicht mehr bootet sind die Reparaturchancen fast 0, da es so gut wie keine Tools gibt (Virenscanner oder Disk-Utilities), die dann darauf zugreifen könnten.
Außerdem etwas langsamer als FAT, das spielt aber in der Praxis keine Rolle.

Daher verwende ich für die Systempartitionen niemals NTFS, nur für Datenpartitionen, ist aber Philosophiesache.
Ausnahme: Mein W2k-Server, der besteht darauf für die Active Directory Datenbank. Dort habe ich den CONVERT Befehl mal ausprobiert und er hat schnell, problemlos und ohne Datenverlust funktioniert... *staun*

Ansonsten halt Partition Magic verwenden - das kann im Zweifelsfall auch wieder zurückkonvertieren...