Die BOOT.INI hat definitiv nichts mit dem Zugriff auf Floppy zu tun. Falls der Zugriff schon vorher, also wirklich ganz zu Anfang des Boot-/Reset-Vorgangs erfolgt, resultiert das aus einer BIOS-Einstellung namens "Boot Up Floppy Seek" oder so in der Art.
Ansonsten liegt's an Windows itself und Du kannst durch mühsame Ausschlußverfahrens-Expwerimente mit MSCONFIG o.dgl. 'draufkommen - alle Autostarts nach und nach disablen und schauen wann der Zugriff aufhört. Typische Verdächtige sind hier MS-Office oder Virenscanner, wenn ich mich recht entsinne.